le 28 avril 2017 à 14:00
Inférer et interroger (extraire de la connaissance) de réseaux biologiques, guidés par des données de type omics, est actuellement un domaine de recherche actif avec de nombreuses applications en biologie systémique et synthétique. L’apprentissage automatique avec son large éventail de techniques joue un rôle majeur, impliquant le développement des méthodologies “cas par cas”. Dans cet exposé, je présenterai des outils pour i) inférer des réseaux de régulation des gènes, y compris leurs motifs cis-régulateurs; ii) estimer l’activité des facteurs de transcription et iii) extraire de modules fonctionnels. J’illustre mon propos par des exemples de projets en cours dans l’équipe.
References:
GREAT: a web portal for Genome Regulatory Architecture Tools, Bouyioukos C, Bucchini F, Elati M, Képès F, Nucleic acids research, gkw384, 2016.
CoRegNet: reconstruction and integrated analysis of co−regulatory networks R. Nicolle, F. Radvanyi, and M. Elati. Bioinformatics: btv305, 2015.
PEPPER: Cytoscape app for Protein complex Expansion using Protein−Protein intERaction networks Ch. Winterhalter, R. Nicolle, A. Louis, C. To, F. Radvanyi, and M. Elati. Bioinformatics, doi: 10.1093/btu517, 2014.
PreCisIon: PREdiction of CIS−regulatory elements improved by gene’s positION. M Elati, R Nicolle, I Junier, D Fernandez, R Fekih, J Font and F Képès. Nucleic Acids Research, 41(3):1406−1415, 2013.
En savoir plus...Amphi Turing, Bât M3 Extension
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