ALPACA - De la séquence aux représentations basées sur des graphes – un changement de paradigme en génomique

Coordinateurs : Alexander Schönhuth, Ali Ghaffaari, UNIVERSITAET BIELEFELD, Allemagne

Partenaire : Madame Camille Marchet, CNRS CRIStAL

Équipe : Bonsai du Groupe Thématique : MSV.

Dates : 01/01/2021 - 31/12/2024

Résumé :

Le séquençage du génome vise à déterminer l’ordre des As, Cs, Gs et Ts, qui représentent les nucléotides de l’ADN dans le génome d’un organisme. Les avancées en la matière ont engendré un volume de données en constante augmentation dans le monde entier. Financé par le programme actions marie Sklodowska-Curie, le projet ALPACA développera des représentations de génomes basées sur les graphes qui s’appuient sur la combinaison des variations individuelles d’une manière significative du point de vue de l’évolution. Cela permettra de traiter et d’analyser les données de séquençage de manière plus efficace par rapport aux approches traditionnelles, qui sont basées sur des représentations ordinaires de génomes de type séquentiel. Ce changement de paradigme jouera un rôle essentiel dans la médecine personnalisée et l’analyse des agents pathogènes.

Abstract :

Genome sequencing aims to determine the order of the As, Cs, Gs and Ts, which represent the DNA nucleotides in an organism’s genome. Advances in this field have led to an ever-increasing volume of data worldwide. Funded by the Marie Skłodowska-Curie Actions programme, the ALPACA project will develop graph-based representations of genomes that rely on the combination of individual variations in an evolutionarily meaningful way. This will enable sequencing data to be processed and analysed more efficiently than traditional approaches, which are based on ordinary sequential representations of genomes. This paradigm shift will play an essential role in personalised medicine and pathogen analysis.