REBON - Abstraction des Réseaux de Réactions vers des Réseaux Booléens pour Améliorer l’Inférence et le Contrôle en Biologie des Systèmes

Coordinateur : Joachim Niehren Centre INRIA de l’Université de Lille CRIStAL

Équipe : BioComputing du Groupe Thématique : MSV.

Dates : 10/23 - 11/28

Résumé :

Nous proposons de développer des abstractions des réseaux de réactions en réseaux booléens utilisant la sémantique la plus permissive. L’objectif est d’améliorer l’inférence des réseaux depuis des données et le contrôle de réseaux modélisant des systèmes biologiques. Nous considérons deux cas d’applications : le premier concerne la compréhension de l’évolution des communautés de microalgues en écologie marine et le second, le contrôle du métabolisme de l’organisme modèle Bacillus subtilis à l’aide de knockouts de gènes afin de surproduire des lipopeptides antimicrobiens utilisables en agroécologie.

Abstract

We propose to develop abstractions of reaction networks to Boolean networks with the most permissive semantics. This is relevant for improving inference of networks from data and the control of networks modeling biological systems. We consider two particular case studies. The first concerns the understanding of the evolution of microalgae populations in ocean ecology and the second the control of the metabolism of the model organism Bacillus subtilis by gene knockouts for overproducing antimicrobial lipopeptides usable in agroecology.