L’équipe Bonsai développe des algorithmes et des modèles pour l’analyse de séquences biologiques. Cela comprend les domaines d’application suivants : annotation des génomes, analyse des données de séquençage à haut débit pour la génomique, la transcriptomique, la métagénomique et la pangénomique, structure des gènes et des génomes, peptides non ribosomiques, paléoprotéomique.

Les méthodes développées relèvent de l’algorithmique discrète et s’appuient sur l’algorithmique du texte, la théorie des graphes, les structures d’index … Ce travail se matérialise par la diffusion de logiciels libres et la conduite de collaborations en biologie, santé et environnement.