The Bonsai team specializes in the development of algorithms and models for the analysis of biological sequences. Our expertise encompasses a range of application areas, including genome annotation, the analysis of high-throughput sequencing data in genomics, transcriptomics, metagenomics, and pangenomics, as well as gene and genome structure, non-ribosomal peptides, and palaeoproteomics.
Our methods are founded on discrete algorithms, text algorithms, graph theory, index structures, and more. Our efforts manifest in the form of freely distributed software and collaborations across the fields of biology, health, and environmental science.
Mikael Salson
Algorithmes bioinformatiques et modèles évolutifs pour la paléoprotéomique
Méthodes de mapping pour de nouvelles données de reads longs permettant l'identification de structure
Visualisation et requête pour la biologie dans les graphs de De Bruijn utilisant des bases de données relationnelles
Structures d'indexation distribuées pour la bioinformatique
Elaboration d'un algorithme de comparaison de structures de biomolécules basé sur des caractéristiques chimiques et biologiques
Analyse efficiente et scalable de cancer par l'exploration avancée à grande échelle du transcriptome
Représentation d'ensemble de k-mers préservant la localité
Structures de données efficaces pour l'indexation des séquences de troisième génération
Alignement multiple et séquençage de troisième génération 04/12/2023
Nouveaux composants à la périphérie des outils d'assemblages des génomes dong read 02/12/2019
Compressing and Indexing labeled sequences 12/02/2018
Algorithms for conserved markers sequences reconstruction in metagenomics data 27/10/2017
Solutions d'amélioration des études de métagénomique ciblée 23/03/2017
Algorithmique pour l'annotation automatique de Peptides Non Ribosomiques 01/12/2016
Algorithmes bio-informatique pour l'analyse de données de séquençage à haut débit 11/12/2013
Comparaisons de séquences biologiques sur architecture massivement multi-coeurs 21/12/2012
Prediction and pattern matching algorithms for RNA multi-structures 16/11/2011
De nouvelles méthodes pour l'alignement des séquences biologiques 10/12/2010
Mise en place d'une plate-forme logicielle pour l'analyse des peptides non-ribosomiaux. 08/09/2009
Classification d'ARN codants et d'ARN non-codants 30/03/2009
Matrices score-position, algorithmes et propriétés 04/07/2008
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