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Articles longs acceptés / Accepted long papers

• « Inference of Synechocystis protein interaction network »Magali Michaut, Samuel Kerrien, Luisa Montecchi-Palazzi, Corinne Cassier-Chauvat, Franck Chauvat, Jean-Christophe Aude, Pierre Legrain and Henning Hermjakob.
• « Prédiction de synténies dans le génome ancestral des amniotes »Frédéric Boyer, Cedric Chauve and Eric Tannier.
• « Lowess extension to normalize three dyes cDNA microarray experiments »Julie Aubert, Marie-Laure Martin-Magniette, Samira Elftieh, Avner Bar-Hen, Jean-Pierre Renou & Jean-Jacques Daudin.
• « libfbat: a C++ library for family based association testing »Gregory Nuel, Yousri Slaoui and Vincent Miele.
• « Fixed Boundaries Influence in Biological Networks: From Theory to Application »Jacques Demongeot, Michel Morvan and Sylvain Sené.
• « Network modularity optimization by a fusion-fission process and application to protein-protein interactions networks »Jean-Baptiste Angelelli and Laurence Reboul.
• « A method for automated discovering of RNA tertiary motifs »Mahassine Djelloul and Alain Denise.
• « Protein thermal stability probed by statistical potentials »Benjamin Folch, Marianne Rooman and Yves Dehouck.
• « Applying a rigorous quasi-steady state approximation method for proving the absence of oscillations in models of genetic circuits »François Boulier, Marc Lefranc, François Lemaire and Pierre-Emmanuel Morant.
• « Study of structural changes in damaged DNA using DEER and Molecular Dynamic Simulations in Water »Samia Aci, Giuseppe Sicoli, Gérald Mathis, Didier Gasparutto, Serge Gambarelli and Yves Boulard.
• « Temporal logic patterns for querying dynamic models of cellular interaction networks »Pedro T. Monteiro, Delphine Ropers, Radu Mateescu, Ana T. Freitas and Hidde de Jong.
• « Recovering isofunctional genes: a synteny-based approach »Yves-Pol Denielou, Frédéric Boyer, Marie-France Sagot and Alain Viari.
• « Identification de gènes et prédiction de pertes de gènes par génomique comparative : Application au génome canin »Thomas Derrien, Catherine Andre, Elaine Ostrander, Francis Galibert and Christophe Hitte.
• « A minimal and dynamic model for fatty acid metabolism in mouse liver »Pierre Blavy, Gondret Florence, Guillou Hervé, Sandrine Lagarrigue, Martin Pascal, Ovidiu Radulescu, Anne Siegel and Jaap Van Milgen.
• « Semi-automated inference of regulatory pathways using perturbed data »Nizar Touleimat, Farida Zehraoui, Marie Dutreix and Florence d'Alché-Buc.
• « Une approche phylo-HMM pour la recherche de séquences »Jean-Baka Domelevo Entfellner and Olivier Gascuel.
• « Combining SAGE tags to predict genomic transcribed regions » Eric Rivals, Anthony Boureux, Mireille Lejeune, Florence Ottones, Oscar Pecharroman Pérez, Jorma Tarhio, Fabien Pierrat, Florence Ruffle, Thérèse Commes and Jacques Marti.

Posters + présentation flash / posters with short talks

• 1« Selectome: a database of positive selection »Estelle Proux, Romain Studer, Sebastien Moretti and Marc Robinson-Rechavi.
• 2« High quality visualization of molecular skin surface »Matthieu Chavent, Bruno Levy and Bernard Maigret.
• 3« Classification of protein structures based on line-graph reduction »Guillaume Santini, Mathilde Carpentier and Joël Pothier.
• 4« A molecular modelling study to explain the regioselectivity of the CALB-catalyzed acetylation of rutin »Eduardo Basilio de Oliveira, Catherine Humeau, Elaine Rose Maia, Latifa Chebil, Bernard Maigret, Mohamed Ghoul and Jean-Marc Engasser.
• 5« Characterization of amino acid interaction networks in proteins »Omar Gaci and Stefan Balev.
• 6« SSCA, an algorithm for selecting sequences to use in RNA secondary structure prediction by the comparative approach »Stéfan Engelen and Fariza Tahi.
• 7« Classification automatique en famille des jonctions triples de l'ARN »Dominique Barth, Alain Denise, Alexis Lamiable, Franck Quessette and Sandrine Vial.
• 8« Benchmarking RNA secondary structure comparison algorithms »Julien Allali, Yves d'Aubenton-Carafa, Cedric Chauve, Alain Denise, Christine Drevet, Pascal Ferraro, Daniel Gautheret, Claire Herrbach, Fabrice Leclerc, Antoine de Monte, Aida Ouangraoua, Marie-France Sagot, Cédric Saule, Michel Termier, Claude Thermes and Hélène Touzet.
• 9« Modelling the oscillations in the p53-Mdm2 network »Djomangan Adama Ouattara, Wassim Abou-Jaoudé and Marcelle Kaufman.
• 10« ACLAME: a database and bioinformatic tools to analyze, classify and predict the prokaryotic mobilome »Raphael Leplae, Gipsi Lima-Mendez, Jacques van Helden and Ariane Toussaint.
• 11« A benchmark of methods for horizontal transfer detection »Jennifer Becq, Cécile Churlaud and Patrick Deschavanne.
• 12« A comparative analysis of de novo methods for the identification of transposable elements in Drosophilidae genomes »Timothee Flutre, Elodie Duprat and Hadi Quesneville.
• 13« Efficient tools for computing distances between two genomes with duplicate genes »Sébastien Angibaud, Guillaume Fertin, Irena Rusu, Annelyse Thévenin and Stéphane Vialette.
• 14« Comparative and evolutive analysis of the ABC transporters repertories in the complete archaeal genomes »Bénédicte Wirth, Yves Quentin and Gwennaele Fichant.
• 15« Protein sequence alignment via anti translation »Marta Girdea, Gregory Kucherov and Laurent Noé.
• 16« Mobyle: a new full web bioinformatics framework »Herve Menager, Bertrand Neron, Corinne Maufrais, Nicolas Joly, Pierre Tufféry and Catherine Letondal.
• 17« Model-driven Data Integration for Mining Protein-Ligand and Protein-Protein Interactions in a Drug Design Context »Leo Ghemtio, Emmanuel Bresso, Michel Souchet, Bernard Maigret, Malika Smaïl-Tabbone and Marie-Dominique Devignes.
• 18« Un système interactif et extensible pour le mapping d’ontologies »Amel Bouzeghoub, Abdeltif Elbyed and Fariza Tahi.
• 19« Utilisation d'ontologies de tâches et de domaine pour la composition semi-automatique de services Web bioinformatiques »Nicolas Lebreton, Olivier Dameron, Christophe Blanchet and Julie Chabalier.

Posters

• 20« Database and comparison of bacteriocins » Riadh Hammami, Abdelmajid Zouhir, Jeannette Ben Hamida and Ismail Fliss.
• 21« InteroPORC: an automatic tool to predict highly conserved protein interaction networks » Magali Michaut, Samuel Kerrien, Luisa Montecchi-Palazzi, Corinne Cassier-Chauvat, Franck Chauvat, Jean-Christophe Aude, Pierre Legrain and Henning Hermjakob.
• 22« Algorithmes d’extraction de descripteurs discriminants et minimaux pour la discrimination des séquences biologiques » Faouzi Mhamdi and Mourad Elloumi.
• 23« Semantic Distillation: a new method to analyse microarray experimental results » Thomas Sierocinski.
• 24« Un modèle évolutif avec dépendance au voisin de gauche » Audrey Finkler and Catherine Matias.
• 25« Finding important data subsets for kernel-based bacterial protein role predictions » Alain Trubuil, Liliana Lopez and Véronique Monnet.
• 26« Reconciling curated genome databases: a tricky task » Stéphane Descorps-Declère, Matthieu Barba and Bernard Labedan.
• 27« HELIQUEST, a web server to screen sequences with alpha-helix related properties » Romain Gautier, Dominique Douguet, Bruno Antonny and Guillaume Drin.
• 28« Comparaison intensive des séquences protéiques : indexation des banques et usage des instructions SIMD des microprocesseurs » Van-Hoa Nguyen and Dominique Lavenier.
• 29« Prediction of pre-proline conformation in helix-X-helix motifs » Julien Rey, Julie Devillé and Marie Chabbert.
• 30« HaploPhyle: une application intégrée pour la génération de réseaux d'haplotypes reliés à des données externes » Gautier Sarah, Manuel Ruiz, Xavier Perrier and Claire Billot.
• 31« CC-toolkit: A new analysis tool for PASE, the web-based platform for polypeptide chips experiments » Gaël Even, Costin Apostol, Julien Soula, Cristian Preda and Clarisse Dhaenens.
• 32« Plant genomes and genomics through FLAGdb++ : Arabidopsis, Oryza, Vitis and Populus at hand » Franck Samson, Cécile Guichard, Isabelle Bourgait, Véronique Brunaud, Vincent Thareau, Séverine Gagnot, Philippe Label, Jean-Charles Leplé, Alain Lecharny and Aubourg Sébastien.
• 33« Arabidopsis thaliana core-promoter architecture » Virginie Bernard, Véronique Brunaud and Alain Lecharny.
• 34« Comparaison de Spectres MS/MS : analyse de l'algorithme SpectralAlignment » Freddy Cliquet, Guillaume Fertin, Irena Rusu and Dominique Tessier.
• 35« Docking moléculaire multi-objectif par algorithme évolutionnaire » Jean-Charles Boisson, Laetitia Jourdan, Gaël Even, El-Ghazali Talbi and Dragos Horvath.
• 36« HOGENOM Release 2008 » Simon Penel, Pascal Calvat, Manolo Gouy, Guy Perriere and Laurent Duret.
• 37« CATdb: Complete Arabidopsis Transcriptome database » Séverine Gagnot, Jean Philippe Tamby, Marie-Laure Martin-Magniette, Sébastien Aubourg, Jean-Pierre Renou, Alain Lecharny, Véronique Brunaud and Philippe Grevet.
• 38« INSYGT : a multi-genes multi-genomes browser that highlights synteny conservation in prokaryotes » Thomas Lacroix, Valentin Loux, Annie Gendrault, Mark Hoebeke and Jean-Francois Gibrat.
• 39« Classification of ABC transporters using community detection » Claire Gaugain, Gwennaele Fichant and Yves Quentin.
• 40« Norine: a platform dedicated to nonribosomal peptides » Ségolène Caboche, Valérie Leclère, Philippe Jacques, Maude Pupin and Gregory Kucherov.
• 41« Replication and evolution of the human genome » Lauranne Duquenne, Maxime Huvet, Chun-Long Chen, Lamia Zaghloul, Benjamin Audit, Yves d’Aubenton-Carafa, Alain Arneodo and Claude Thermes.
• 42« Enrichissement sémantique de patrons syntaxiques pour l'amélioration du mapping entre voies métaboliques et processus biologiques » Elodie Roques, Julie Chabalier and Olivier Dameron.
• 43« GnpGenome: the URGI genomic annotation database “focus on plant data” » Michaël Alaux, Isabelle Blanc-Lenfle, Cyril Pommier, Joëlle Amselem, Isabelle Luyten, Delphine Steinbach and Hadi Quesneville.
• 44« Réalisation d'un modèle tridimensionnel du dimère SLR1738 avec son ADN consensus » Paul Garcin, Olivier Delalande and Yves Boulard.
• 45« Modélisation statistique des interactions protéine-ligand : prédiction des poches druggables et fonction de score. » Stéphanie Perot, Maria Miteva, Bruno Villoutreix and Anne-Claude Camproux.
• 46« GnpIS, the plant information system of INRA URGI » Delphine Steinbach, Michaël Alaux, Erik Kimmel, Sophie Durand, Cyril Pommier, Isabelle Luyten, Nacer Mohellibi, Isabelle Blanc-Lenfle, Sebastien Reboux and Hadi Quesneville.
• 47« Statistical methods to extract important structural motifs within protein loops » Leslie Regad, Juliette Martin, Grégory Nuel and Anne-Claude Camproux.
• 48« Error estimation in microarray based classification is not reliable » Blaise Hanczar, Jianping Hua and Edward Dougherty.
• 49« Predicting transcription factor binding sites and cis-regulatory modules with RSAT » Jean-Valery Turatsinze, Morgane Thomas-Chollier, Matthieu Defrance and Jacques van Helden.
• 50« COBALT – COmparaison of BActerial localisation tools » David Goudenège, Stéphane Avner and Frédérique Barloy-Hubler.
• 51« RapidOTU: A fast pipeline to analyze 16S rDNA sequences by alignment or tetranucleotide frequency » Ludovic Legrand, Julien Tap, Clément Gauthey, Joel Doré, Marion Leclerc and Christophe Caron.
• 52« MSX-3D : A tool to validate 3D protein models with Mass Spectrometry » Michaël Heymann, David Paramelle, Gilles Subra, Eric Forest, Jean Martinez, Christophe Geourjon and Gilbert Deléage.
• 53« Comparison of statistical methods (t-test and mixed model) to identify differentially expressed genes between regions of the laying egg oviduct in a loop design microarray experiment » Christelle Hennequet-Antier, Vincent Jonchère, Sophie Réhault-Godbert, Larry Cogburn, Vonnick Sibut, Virginie Hervé, Yves Nys and Joel Gautron.
• 54« Convergence of computer sciences text mining techniques and genomic processing » Jacques-Aurélien Sergent and Valery Fremaux.
• 55« BIOEclipse, a new environment for biologists » Christophe Richard, Yan Arnulf, Remi Menegon, Frantz Miccoli, Abdel Aissat, Jean-Paul Forest, Valery Fremaux and Jacques-Aurélien Sergent.
• 56« GnpSNP : the URGI polymorphism database dedicated to plant » Nacer Mohellibi, Fabienne Granier, Delphine Steinbach, Erik Kimmel, Cyril Pommier, Dominique Brunel and Hadi Quesneville.
• 57« Un server web pour l'analyse de données de métagénomiques » Michael Faubladier, François Enault, Antoine Mahul, Matthieu Reichstadt, Alexandre Claude, Marianne Liauzu, Antoine Vernois, Yves Landau, Aurélien Bernard, Gisèle Bronner and Didier Debroas.
• 58« iMOMi a database to support wet-lab experiments of microbiologists » Nicolas Pons, Benjamin Candelon, Nadine Wazen, Anthony Cathala, Eric Guédon, Pierre Renault, Laurent Jannière, Cyril Gella, Samira Boudebbouze, Christine Grimaldi, Emmanuelle Maguin, S. Dusko Ehrlich and Jean-Michel Batto.
• 59« GPGPU implementation of suffix tree for fast identification of genes and genomes in high throughput sequence analysis » Fouad Boumezbeur, Nicolas Pons, Pierre Renault, S. Dusko Ehrlich and Jean-Michel Batto.
• 60« MAGNOLIA: multiple alignment of protein-coding and structural RNA sequences » Arnaud Fontaine, Antoine de Monte and Hélène Touzet.
• 61« A Principal Component Analysis approach to map Gene Ontology classifications onto gene expression space » Marie de Tayrac, Marc Aubry, Sébastien Lê, François Husson and Jean Mosser.
• 62« A discriminant approach to search for local nucleotide composition biases : application to transcription termination sites in Bacillus subtilis » Aurélie Leduc, Philippe Bessières, François Rodolphe and Pierre Nicolas.
• 63« ISfinder : Centre de Référence International pour les séquences d’insertion procaryotes » Patricia Siguier, Pryavahiny Kichenaradja, Edith Simonnot, Jocelyne Perochon and Michael Chandler.
• 64« ATP8B1 : interactomic study toward a general function » Jacques-Aurélien Sergent, Yves Berthiaume, Christian Hulen and Nour-Eddine Lomri.
• 65« BioWorkFlow: Web Services toolkit and workflow applications evaluation to deploy a confidence network » Marc Wessner, Martin Senger, Franck Samson, Philippe Picouet, François Moreews, Hervé Ménager, Véronique Martin, Sébastien Letort, Catherine Letondal, Mark Hoebeke, Jérome Gouzy, Jean-françois Gibrat, Erwan Corre, Olivier Collin, Sébastien Carrere, Christophe Caron, Pierre Tufféry and Bertrand Néron.
• 66« Comparing a sequencing based and hybridisation based expresssion profiling platforms » Hugues Richard, Marcel H. Schulz, Marc Sultan, Alon Magen, Tatjana Borodina, Aleksey Soldatov, Hans Lehrach, Martin Vingron and Marie-Laure Yaspo.
• 67« ODEGAT: a new procedure for automatic alignment and standardization of one-dimensional electrophoretic profiles » Romain Daveau, Paul Morel, Danièle Gilbert, Vincent Goëb, Marlène L'otellier, François Tron, Olivier Vittecoq and Jacques van Helden.
• 68« Nested q-Partial Graphs for Genetic Network Inference from "Small n, Large p" Microarray Data » Kevin Kontos and Gianluca Bontempi.
• 69« PISI (Procaryotes Insertion Sequence Identification) : An approach for identification of Insertion Sequences in Prokaryotic sequences » David Roche.
• 70« Analysis of the Smallest Common Interactome » Ouissem Souiai, Christine Brun and Alia Ben Kahla.
• 71« Evolutionary dynamics of a locus of fertility restoration in plants » José Hernandez-Mora, Eric Rivals, Hakim Mireau and Françoise Budar.
• 72« A web services access to the regulatory Sequence analysis tools » Olivier Sand, Morgane Thomas-Chollier, Sylvain Brohée, Eric Vervisch and Jacques van Helden.
• 73« A structural alphabet approach to protein/protein interaction analysis » Julie Baussand, Juliette Martin and Anne-Claude Camproux.
• 74« Classification of Transposable Elements based upon nucleotidic distances and an aggregation process » Jacques-Deric Rouault and Pierre Capy.
• 75« Models for transcriptome data and their application to generation of synthetic data and quality control » Guillaume Brysbaert, François-Xavier Pellay, Sebastian Noth and Arndt Benecke.
• 76« Nonlinear state-space models for regulatory and signaling pathways inference » Minh Quach, Nicolas Brunel and Florence d'Alché-Buc.

Demos

• Heliquest, a web server to screen sequences with alpha-helix related properties. Romain Gautier, Dominique Douguet, Bruno Antonny and Guillaume Drin.
• Docking@GRID, plateforme Web dédiée au Docking moléculaire par approches multi-objectives. N. Melab, L. Jourdan, J-C Boisson, A-A Tantar, A. Liefooghe, G. Even, T. Legrand, C. Canape, B. Parent, S. Avi, L. Brillet, L. Lafanachère, S. Roy, D. Horvath and E-G Talbi.
• Odegat, automatic re-alignment and standardization of one-dimensional electrophoretic profiles. Romain Daveau, Paul Morel, Danièle Gilbert, Vincent Goëb, Marlène L'Otellier, François Tron, Olivier Vittecoq and Jacques van Helden.
• OxyGene, an innovative platform to investigate oxidative-response genes in prokaryotes whole genomes. David Thybert, Stéphane Avner, Céline Lucchetti-Miganeh, Angélique Chéron and Frédérique Barloy-Hubler
• gnpIS, the plant information system of INRA URGI bioinformatics platform. Delphine Steinbach, Michael Alaux , Erik Kimmel, Sophie Durand, Cyril Pommier, Isabelle Luyten, Nacer Mohellibi, Daphné Verdelet, Isabelle Lenfle-Blanc, Sébastien Reboux and Hadi Quesneville.
• gnpSNp, the URGI polymorphism database dedicated to plants. Nacer Mohellibi, Fabienne Granier, Delphine Steinbach, Erik Kimmel, Cyril Pommier, Dominique Brunel and Hadi Quesneville.
• gnpGENOME, the URGI genomic annotation database based on GMOD tools. Michael Alaux, Isabelle Blanc-Lenfle, Cyril Pommier, Joelle Amselem, Isabelle Luyten, Delphine Steinbachand Hadi Quesneville.
• CATdb, les données de transcriptome à l'URGV. Jean Philippe Tamby, Séverine Gagnot, Marie-Laure Martin-Magniette, Philippe Grevet, Sébastien Aubourg, Jean Pierre Renou, Alain Lecharny and Véronique Brunaud.
• iMOMI, a database and a set of tools for the microbiologists. Nicolas Pons, Pierre Renault, Benjamin Candelon and Jean-Michel Batto.
• Selectome, a database of positive selection. Estelle Proux, Romain Studer, Sébastien Moretti and Marc Robinson-Rechavi.
• Autograph, un serveur web de génomique comparative multi-espèces. Thomas Derrien, Catherine André, Elaine Ostrander, Francis Galibert and Christophe Hitte.
• Insygt, a multi-genes multi-genomes browser that highlights synteny conservation in prokaryotes. Thomas Lacroix, Valentin Loux, Annie Gendrault, Mark Hoebeke and Jean-Francois Gibrat.
• Magnolia, multiple alignment of protein-coding and structural RNA sequences. Arnaud Fontaine, Antoine de Monte and Hélène Touzet.
• TEdenovo, a pipeline for the denovo identification of transposable elements in eukaryotic genomes. Timothée Flutre and Elodie Duprat.
• RNAmutants, efficient algorithms for probing the RNA mutation landscape.Jerome Waldispühl, Srinivas Devadas, Bonnie Berger, Peter Clote.
• InteroPorc, an automatic tool to predict highly conserved protein interaction networks.Magali Michaut, Samuel Kerrien, Luisa Montecchi-Palazzi, Franck Chauvat, Corinne Cassier-Chauvat, Jean-Christophe Aude, Pierre Legrain and Henning Hermjakob.
• MABSys, modelization and analysis of biological systems. François Lemaire and Asli Urguplu.
• Mobyle, présentation du portail de bio-informatique. Nicolas Joly , Catherine Letondal , Corrine Maufrais , Hervé Ménager , Bertrand Néron and Pierre Tufféry.
• ATGC, plate-forme montpelliéraine: évolution, phylogénie, génomique comparative et fonctionnelle. V. Guignon, V. Lefort, K. Belkhir, J.-F. Dufayard, N. Galtier, O. Gascuel.