info354 - Bioinformatique

Credits

5

Prerequisites

info201, info204

Parcours

• optional for the computer science mention of the "licence"
• optional for the computer science mention of the master of science

Objectives

Comprendre les apports de l'informatique à l'analyse de données biologiques, acquérir des compétences de base en biologie moléculaire.

Organization

week

1

2

3

4

5

6

7

8

9

10

11

12

13

C (1h30)

×

×

×

×

×

×

×

×

×

×

×

×

TD (1h30)

×

×

×

×

×

×

×

×

×

×

×

×

TP (2h)

×

×

×

×

×

Student personal work

about 50h

Evaluation

• for UE without Labs : sup ( Ex, (2Ex + CC)/3)
• for UE with Labs : (2TP + 3 sup(Ex, (2Ex + CC)/3))/5

Contents

Ce cours montre comment l'informatique aide a la compréhension des mécanismes moléculaires en biologie. L'enseignement commence avec des rappels approfondis de biologie, pour entrer dans le vif du sujet. Il se poursuit par la présentation des techniques bioinformatiques couramment utilisées, avec des aspects informatiques fondamentaux. Il est assuré en tandem par un biologiste et un informaticien.

Introduction à la biologie moléculaire

l'organisation de la cellule, l'ADN et l'information génétique, les protéines, les organismes vivants.

Les données de la bioinformatique

programmes de séquençage, les banques de données, les puces à ADN.

Outils informatiques d'analyse de séquences

algorithmes d'alignement de séquences (programmation dynamique), algorithmes d'alignement multiple (heuristiques, algorithmes génétiques), recherche de motifs, phylogénie.

Les TP sont l'occasion d'appliquer les techniques d'analyse de séquences à des exemples biologiques « en conditions réelles » : comment localiser un gène par des techniques de bioinformatique, comment déterminer sa fonction...

Instructor(s)

Hélène Touzet

fichier source pour édition/modification