Mapping de monomères

Description du projet

Les peptides non-ribosomiques (NRP) sont des molecules de plus en plus étudiées car elles présentent des activités ayant des applications dans des domaines divers. Elles sont souvent décrites par leur structure chimique, c'est-a-dire un graphe dont les nœuds sont des atomes et les arêtes les liaisons chimiques. Une autre representation possible est la structure monomérique. Cette structure, inspirée de la voie de synthèse de ces peptides, est réalisée par de gros complexes enzymatiques qui assemblent les briques de base, appelées monomères. Ainsi, les peptides non-ribosomiques sont composés d’une grande variété de monomères (plus de 500 recensés jusqu’ à présent) tels que des acides aminès, mais aussi des lipides ou des sucres. De plus, des liaisons non-peptidiques peuvent être formées entre certains monomères, ce qui produit des peptides contenant des cycles et/ou des branchements. La structure monomerique est donc le graphe formé par les monomères présents dans le peptide et les liaisons qui les relient. A l’heure actuelle, il n’existe pas d’outil permettant de convertir la structure chimique d’un peptide non-ribosomique en sa structure monomerique.

Le but de ce projet est de concevoir des algorithmes capables de localiser les monomères d’une liste de référence dans les structures chimiques des peptides de la base de donnees Norine. Le premier algorithme que nous avons conçu est une heuristique gloutonne qui utilise des connaissances sur la chimie des NRP. Les resultats de ce premier programme sont très satifaisant car l'heuristique nous permet déjà de retrouver plus de 85% des monomères présents dans les peptides de la base de donnée Norine.

Vous pourrez trouver dans les documents liés les résultats de l'heuristique sur la base de donnée Norine ainqi que l'article qui a été soumis pour la conférence JOBIM 2013.

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